Der bayrische Herzog Maximilian versuchte nach den Wirren der Reformationszeit das Land wieder zum katholischen Glauben zurückzuführen. Auch die Klöster sollten natürlich von dieser Rekatholisierung profitieren. Sehr eng arbeitete er mit den Jesuiten zusammen. So kamen 1624 auch drei Jesuiten aus Ingolstadt nach Speinshart, um hier gewissermaßen Missionsarbeit zu leisten. Vier Jahre später übernahmen Benediktiner hier die Seelsorge. Aus Steingaden kamen dann 1661 unter dem Kurfürsten Ferdinand Maria von Bayern wieder Prämonstratenser nach Speinshart. Zusammen mit einem noch hier verbleibenden Benediktinerpater mühten sich nun vier Chorherren aus Steingaden neben der Seelsorge vor allem um die Wiederherstellung eines neuen Konvents. Auch der baulichen Instandsetzung der Stiftskirche und des Konventtraktes galt ihre Aufmerksamkeit.
Unter dem Präses Gottfried Blum erlangte das Kloster wieder den Status einer Abtei. Er wurde im April 1691 von Abt Augustin Agricola von Steingaden zum ersten Abt von Speinshart nach der Wiederbesiedelung bestimmt. Am 2. Mai des gleichen Jahres wurde er feierlich inthronisiert. Die Abtsbenediktion empfing er erst im August in Regensburg.
Gottfried Blum war es, der den Baumeister und Architekten Wolfgang Dientzenhofer beauftragte, Pläne für den 1699 vollendeten Kirchenbau zu fertigen. Die Gebrüder Carlo Domenico und Bartolomeo Lucchese aus Mellide am Luganer See fertigten in seinem Auftrag die schwere barocke Dekoration im Inneren.
Georg Dientzenhofer (der Bruder von Wolfgang Dietzenhofer) entwarf einige Jahre zuvor die Pläne für den neuen Konventtrakt. Er war auch der Baumeister der Abtei Waldsassen, so dass sich viele architektonische Ähnlichkeiten zwischen Speinshart und Waldsassen feststellen lassen.
Barocke Blüte
Das Kloster Speinshart etablierte sich nach der Wiederbesiedelung rasch zu einer selbstbewussten Institution, die ihrer Lebens- und Glaubensfreude durch die barocke Kunst Ausdruck verlieh. So war es geradezu eine Selbstverständlichkeit, sämtlichen Besitzungen ein barockes Gepräge zu geben. Diese Haltung überrascht, da Speinshart doch nicht zu den großen und wirklich wohlhabenden Prälatenklöstern in Bayern zählte. Der sogenannte Idealplan von 1749 gibt Zeugnis von der angestrebten Einheit, die den Klosterkomplex und den Barbaraberg umschließen sollte: das religiöse Empfinden, das alltägliche Leben und die alles umgebende Kunst sollte eine große Einheit bilden. Wenn auch diese Einheit in ihrer Totalität nicht mehr vorhanden ist, so kann man aber den barocken Geist in Speinshart noch sehr stark wahrnehmen. Letztlich sind es kleine Relikte, die das 18. Jahrhundert vor Augen führen, wie beispielsweise das Nordtor, die Wieskirche, das Richterhaus und der figurengesäumte Wallfahrtsweg zum Barbaraberg.
Seinen unumstrittenen Höhepunkt erreichte das Kloster in der Barockzeit unter Abt Dominikus I. von Lieblein. Um seiner Freude am Bauen entsprechend nachzukommen, sandte er Pater Hugo Strauß zum Architekturstudium nach Prag. Sein Können als Baumeister und Architekt stellte er unter anderem beim Bau der Kirche von Oberbibrach und der Wallfahrtskirche auf dem Barbaraberg unter Beweis.